Считаются ли ссылки на главную вида site.ru/# циклическими и нужно ли их убирать?

Ссылка site.ru/# на самой главной ведёт на тот же ресурс, поэтому технически это самоссылка. Но считать её опасной «циклической ссылкой», способной заставить поискового робота снова и снова обходить страницу, неправильно.

Что происходит с #

Часть URL после символа # называется фрагментом. Фрагмент предназначен для перехода к определённому месту или состоянию внутри уже загруженного документа и при HTTP-запросе серверу не передаётся. Поэтому для:

https://site.ru/
https://site.ru/#

сервер получает запрос к одному и тому же ресурсу.

Google отдельно рекомендует не использовать URL-фрагменты для представления самостоятельного контента, поскольку Google Search обычно не рассматривает такие фрагменты как отдельные URL.

Яндекс формулирует это ещё прямее: адрес example.com/page/#title отдельно не индексируется — робот рассматривает example.com/page/, то есть часть URL до #.

Следовательно, site.ru/# не создаёт ещё одну копию главной страницы для индексирования.

Почему Screaming Frog показывает ссылку без #

Это штатное поведение Screaming Frog, а не особенность конкретного сайта.

По умолчанию SEO Spider отбрасывает фрагмент URL и не считает адрес с # отдельным URL. В документации инструмента прямо указано, что всё после hash-символа игнорируется аналогично обработке поисковыми системами. Поэтому site.ru/ и site.ru/# оказываются одним URL в результатах обхода.

При необходимости в Screaming Frog можно включить:

Configuration → Spider → Advanced → Crawl Fragment Identifiers

Тогда URL с фрагментами будут показываться отдельно. Эта настройка нужна прежде всего для проверки внутрист страничных якорей и переходов вроде /page/#contacts, а не для обычного SEO-сканирования.

Считается ли это циклической ссылкой

Если под циклической ссылкой имеется в виду ссылка страницы на саму себя, то на главной — да:

<a href="/">Главная</a>

и

<a href="/#">Главная</a>

в данном контексте ведут к одной и той же странице.

Но это не означает возникновения crawl loop — бесконечного цикла сканирования. Для поисковой системы не появляется последовательность новых URL, поскольку фрагмент не образует самостоятельную индексируемую страницу.

На внутренних страницах ситуация ещё проще. Если, например, /catalog/ содержит ссылку site.ru/#, это обычная внутренняя ссылка с каталога на главную, а не самоссылка.

Нужно ли убирать ссылки с логотипа и пункта «Главная»

Саму навигацию убирать не стоит. Ссылка с логотипа на главную и отдельный пункт «Главная» выполняют понятную навигационную функцию. Надёжных оснований ожидать SEO-выгоды от отключения этих ссылок на самой главной нет.

Google допускает обычные HTML-ссылки через <a href="…"> и использует внутренние ссылки для обнаружения страниц и понимания их контекста. Для изображения внутри ссылки Google может использовать alt изображения как анкорный текст.

Менять имеет смысл именно адрес:

<a href="/">Главная</a>

вместо:

<a href="/#">Главная</a>

То же касается логотипа.

# здесь ничего полезного не даёт, если он не используется для реального перехода к элементу с конкретным id. Его удаление делает разметку чище и исключает лишнюю неоднозначность для аналитики, JavaScript и сторонних инструментов.

Если же ссылка должна прокручивать текущую страницу к конкретному разделу, тогда нормальный вариант выглядит, например, так:

<a href="#contacts">Контакты</a>

<section id="contacts">

Это уже внутрист раничный якорь, и удалять его только из-за наличия # не нужно.

Практическое решение: оставить ссылки на логотипе и «Главной», но заменить site.ru/# на канонический адрес главной — обычно / или https://site.ru/.