Нужно ли закрывать код счетчиков в noindex?

Нет, обычный код счетчиков закрывать в <noindex> не нужно. Для современных счетчиков аналитики такая обертка не дает самостоятельной SEO-пользы, а при ошибочном внедрении может создать проблемы с индексированием страницы.

Почему <noindex> здесь лишний

В Яндексе <noindex>...</noindex> используется для запрета индексирования части текста страницы. Это не универсальный «атрибут для любого кода»: Яндекс описывает его именно как элемент, которым можно исключить фрагмент текста из индексирования. Google такой способ для фрагментов страницы не документирует. У Google директива noindex работает на уровне страницы или отдельного ресурса через <meta name="robots" content="noindex"> либо HTTP-заголовок X-Robots-Tag.

Код счетчика обычно находится внутри <script> и выполняет техническую функцию: загружает библиотеку аналитики и отправляет события. Google при обработке JavaScript использует для индексирования отрисованный HTML и содержащийся в нем контент. Яндекс Метрика, в свою очередь, рекомендует вставлять сгенерированный код счетчика непосредственно в HTML страниц и не требует дополнительной обертки <noindex>.

Поэтому конструкция вида:

<noindex>
    <!-- код счетчика -->
</noindex>

не нужна. Для Google она не является документированным механизмом управления индексированием, а для обычного счетчика в Яндексе отсутствует практическая задача, которую такая обертка должна решать.

Чем опасна лишняя обертка

Главный риск находится не в счетчике, а в неправильном использовании <noindex>. Яндекс прямо предупреждает: если закрывающий тег отсутствует, скрытым от индексирования может считаться весь последующий контент страницы. Бесполезная SEO-предосторожность в таком случае превращается уже в вполне реальную техническую ошибку.

Еще опаснее перепутать элемент <noindex> с:

<meta name="robots" content="noindex">

Последняя конструкция запрещает индексирование всей страницы в Google и Яндексе. Использовать ее для скрытия счетчика нельзя.

Когда код счетчика все-таки стоит проверить

Отдельная проверка оправдана у старых или сторонних счетчиков, если их код содержит не только JavaScript, но и видимый текст, информер либо обычную внешнюю ссылку. Тогда нужно решать конкретную проблему: убрать ненужный информер, заменить устаревший код или отдельно настроить ссылку. Оборачивать весь счетчик в <noindex> как универсальное решение не стоит.

Отдельная путаница связана со старым параметром Яндекс Метрики ut=noindex. Он относился не к скрытию кода счетчика, а к использованию Метрикой адресов страниц для их обнаружения поиском. Позднее управление этим механизмом было перенесено в Яндекс Вебмастер, где существует «Обход по счетчикам». Это другая задача и к оборачиванию HTML-кода счетчика в <noindex> отношения не имеет.

Практическое решение простое: устанавливать актуальный код счетчика так, как его выдает сервис аналитики, и не добавлять <noindex> без конкретной причины. Если счетчик устанавливался давно и его код вручную изменяли, разумнее сравнить реализацию с текущим официальным кодом сервиса.